В структуру ВНИИПВТИ входит 5 научных отделов и научно-учебный центр:
отдел разработки и проектирования информационных систем и технологий
отдел правовых и научно-методических проблем региональной информатизации
отдел систем региональной информатизации
отдел научно-методического обеспечения и анализа качества продукции информатизации
отдел разработки и внедрения средств защиты информации в корпоративных информационных системах и технологиях
МНУЦИБ (международный научно-учебный центр информационной безопасности).
В зоне ответственности сотрудников каждого из перечисленных отделов находится одна из наиболее актуальных на сегодняшний день проблем информатизации в нашей стране. А фундаментальные научные проблемы кибернетики и вычислительной техники являются предметом исследования Отдела Главного научного сотрудника ВНИИПВТИ, так как для решения сложных задач необходимо гармоничное сочетание теоретического и практического аспектов.
